Link, acompañado nuevamente por un hada guardiana, viaja por tierra y mar haciendo uso de nuevas habilidades que el jugador ejecuta exclusivamente desde la pantalla táctil de la consola. Desde la ruta del barco a los movimientos del personaje en tierra, se ordenan con el lápiz, método que se usa de igual modo para resolver ciertos puzzles y situaciones, debiendo el jugador indicar la trayectoria de armas como el bumerán. Además, el dibujo es esencial para avanzar en los problemas planteados en el juego, así trazando un mapa vacío en función del paisaje que se contempla, o anotando secuencias o pistas que se facilitan a lo largo de los distintos diálogos.